A Casa da Moeda de Lisboa é provavelmente o mais antigo estabelecimento fabril do Estado português, estimando-se que a sua laboração contínua, em local fixo da cidade, remonte pelo menos ao final do século XIII.
A sua história tem sido marcada por diferentes legados profissionais (começando pela organização dos moedeiros, regulada sobretudo a partir do reinado de D. Afonso III, com o chamado Instrumento sobre o fabrico de moeda, o mais antigo ato régio relativo ao fabrico de moeda em Portugal) e por um longo percurso industrial que hoje se reflete, por exemplo, numa vasta produção filatélica, entre outros produtos gráficos, bem como nas coleções numismática e medalhística à sua guarda.
Apesar da sua conhecida atividade anterior, a primeira organização formal da Casa da Moeda de Lisboa, tanto quanto se conhece, remonta ao regimento de 23 de março de 1498, outorgado no reinado de D. Manuel I, que assinalou um momento importante de regulação dos processos de trabalho e orgânica institucional. Sabemos que, na época medieval, os moedeiros formavam uma corporação organizada à volta de uma confraria e desempenhavam vários ofícios, destacando-se entre estes os oficiais e os magistrados, de nomeação real, e os moedeiros do número, nomeados pelo tesoureiro. Os moedeiros auferiam de rendimento fixo e tinham até vários privilégios, como foro privativo, cadeia própria, direito a porte de armas, isenção de serviço militar e de pagamento de certos impostos e tributos. Este primeiro regimento veio estabelecer como figura principal o Tesoureiro, responsável por todos os valores que na casa entravam (metal) e saíam (moeda). Além deste, havia ainda os seguintes oficiais: 2 Juízes (depois Mestres) da Balança, 1 Escrivão, 2 Ensaiadores, 2 Fundidores, 1 Abridor de cunhos, 2 Guardas da fornaça, 1 Comprador, 3 Salvadores, 1 Alcaide e 1 Vedor, para além dos 104 moedeiros ditos do «número».
Tanto quanto se sabe, à data da sua criação, a Casa da Moeda de Lisboa situava-se perto da Porta da Cruz, junto a Santa Apolónia, sendo depois transferida para localizações mais centrais da cidade devido à sua crescente relação com o poder. Antes do terramoto de 1755, a sua localização nas proximidades do Paço Real, da Casa da Índia e da Rua Nova dos Mercadores, uma das artérias da cidade onde se desenvolvia uma intensa atividade comercial e cambista, contribuiu para projetar o seu papel como lugar de produção de grande parte do numerário utilizado não só no reino mas também um pouco por todo o império.
Vale a pena referir que, embora a atual Casa da Moeda de Portugal seja herdeira direta da Casa da Moeda de Lisboa, ao longo da história também existiram outras casas da moeda, sob controlo direto do rei ou por delegação de atribuições a alguns oficiais, noutras cidades do país, em especial, durante a época medieval, como o Porto, Santarém, Évora ou Beja. A partir da época moderna, com a evolução da expansão colonial e o surgimento de novos desafios económicos e financeiros, foram também ativadas casas da moeda em África (Ceuta), na Ásia (Goa, Damão, Diu, Cochim, Baçaim, Malaca) e América (Baía, Rio de Janeiro, Pernambuco, Minas Gerais). Nalgumas delas, em especial nas que estiveram ativas no Brasil durante os séculos XVII e XVIII, eram não só produzidas as espécies que entravam em circulação à escala local ou regional, mas também assegurado todo o processo que garantia a extração dos minérios em bruto e a sua fundição já sob a forma de barras sob controlo direto das autoridades.
No plano tecnológico, a primeira grande transformação ocorreu a partir de 1677: até então, o processo de fabrico de moeda era integralmente manual, através da cunhagem a martelo, sendo então substituído pela cunhagem por balancé de parafuso, com especial impacto técnico na produção. Alguns anos depois, um segundo regimento foi publicado sob reinado de D. Pedro II, em 9 de setembro de 1686, adequando o funcionamento da Casa da Moeda ao novo contexto tecnológico e produtivo. A partir deste e do primeiro regimento, é hoje possível conhecer as dinâmicas de funcionamento da Casa da Moeda, como a coordenação e a fiscalização de todas as atividades que estavam diretamente relacionadas com a produção monetária, a chegada dos metais em bruto (o ouro, a prata ou o cobre) ou a saída das moedas já cunhadas.
No século XIX, a Casa da Moeda diversificou as suas áreas de produção: a fusão com a Repartição do Papel Selado, em 28 de julho de 1845, e a posterior integração das Contrastarias, em 1882 (cuja história remonta, pelo menos, ao século XIV, com a primeira regulação da profissão de ourives e do comércio da ourivesaria), vieram acrescentar novas dinâmicas à sua atividade. A introdução dos selos postais em Portugal, em julho de 1853, fez introduzir na Casa da Moeda e Papel Selado o fabrico de valores postais.